社伝によれば、地主神社の創建年代は、神代（かみよ）つまり日本の建国以前とされ、 あまりの古さにその歴史は明らかではありませんでした。 しかし近年の研究により、本殿前の「恋占いの石」が縄文時代の遺物であるとされています。

また地主神社の鎮座する辺りは、古来「蓬莱山（宝来山）」と呼ばれ、 不老長寿の霊山として信仰を集めてきました。京都盆地が湖となっていた数万年前から、この蓬莱山は陸地であり、信仰の場であったと伝わっています。

８１１年（弘仁２年）、嵯峨天皇が行幸。地主桜の美しさに三度車を返され、 「御車返しの桜」の由来となりました。９７０年（天禄元年）、円融天皇が行幸。 臨時祭を仰せつかりました。１０８２年（永保２年）には白河天皇が行幸、１７日間参籠（さんろう：神社で昼夜にこもっての祈願 ）されました。 これら歴代天皇の行幸も、地主神社の歴史とご神威の貴さを物語っています。

１８８６年（明治１９年）、建都１１００年を奉祝して当神社に奉納された絵馬には、 当時の風俗と共に、良縁祈願に訪れる娘さん達の様子が生き生きと描かれています。 身分・性別を問わず、広範な人々から信仰を集めていたのが、地主神社における信仰の特色と言えるでしょう。

現代、地主神社のご利益は世界各地で知られるようになりました。地主神社のご神徳で、世界が平和で、人々に幸福がもたらされますことを心よりお祈りいたします。